Nello shiatsu, il terapista (shiatsuka) entra in relazione con il paziente attraverso il contatto manuale in modo da percepire lo stato di equilibrio energetico sul quale deve lavorare. Così agendo, nel momento in cui tratta il paziente, lo shiatsuka fa già una diagnosi energetica.

La manipolazione è in genere molto piacevole e rilassante e consiste di trazioni e pressioni mantenute per alcuni secondi su aree precise, intercalate da mobilizzazioni dolci delle articolazioni. Non viene mai forzata la mobilità naturale e non vengono "sciolti" con forza gli eventuali nodi di tensione (a differenza di quanto avviene in alcune tecniche di massaggio tradizionale cinese), ma si opera sempre attraverso un bilanciamento graduale sino ad ottenere l'equilibrio. La pressione può essere esercitata con la punta delle dita, con le nocche, con la palma delle mani, con la pianta dei piedi, col gomito o col ginocchio, a seconda della posizione e dell'intensità di stimolazione ricercata. Usualmente si preferisce non operare direttamente sulla cute, perciò il paziente indossa di solito un vestito leggero o una tuta. Non vengono utilizzati quindi olii o creme, come invece avviene in altri tipi di massaggio tradizionale.
Va detto innanzitutto che lo shiatsu è una tecnica di riequilibrio molto potente. Sottoporsi periodicamente ad un trattamento fatto da mani esperte è quindi un eccellente modo di restare in salute. Risultati molto buoni si ottengono in tutte le patologie dolorose, da quelle articolari (in particolare le lombalgie), alle cefalee.
Si possono trattare con successo anche disturbi gastroenterici, dismenorrea e disturbi del ciclo mestruale, insonnia, asma. Certe tecniche specifiche sono inoltre utilizzate per la terapia di malattie acute: forme da raffreddamento, infiammazioni, traumi acuti, ecc.
L'azione profonda del trattamento shiatsu, lo rende molto efficace in tutte le forme di stress e di tensione sia psichica che muscolare.
Grandi benefici anche in forme di ansia e di depressione.